JAS-39由鸭型翼（前翼）与三角翼组合而成近距耦合鸭式布局，继承了Saab37战斗机维京战斗机的气动型式，结构上广泛采用复合材料，主翼为切缘襟翼和前缘锯齿，全动前翼位于矩形涵道的两侧，无水平尾翼。机翼和前翼的前缘后掠角分别为45°和43°。该机能在所有高度上实现超音速飞行，并在短场起降上取得最大的效率。可收放前三点式的主起落架为单轮式，向前收入机舱；可转向前起落架为双轮式，向后旋转90°平放入机身下部。机轮和轮胎有碳圆盘刹车及防滑装置。采用带有覆面层隔板的楔形涵道。机身内装自封式主油箱和集油油箱，采用燃油综合管理系统控制。